Identifikation von Signalwegen

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Alexander Mitsos

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Seit 2008 haben wir ein Softwarepaketes zur Identifikation von Signalwegen, in Zusammenarbeit mit den Gruppen von Leonidas Alexopoulos an der National Technical University of Athens (NTUA) und von Julio Saez-Rodriguez , entwickelt.

Das Softwarepaket ist eine Implementierung der Methoden und Referenzen, wie unten angegeben. Sollten Sie Interesse an der Nutzung dieser Software haben, zögern Sie bitte nicht uns zu kontaktieren.

A. Mitsos, I. N. Melas, P. Siminelakis, A. D. Chairakaki, J. Saez­Rodriguez and L. G.
Alexopoulos. Identifying Drug Effects via Pathway Alterations using an Integer Linear Programming Optimization Formulation on Phosphoproteomic Data. PLOS Computational Biology, 5(12):e1000591. 2009.

I. N. Melas (equal contributor), A. Mitsos (equal contributor), D. E. Messinis, T. Weiss, and L. G. Alexopoulos. Combined Logical and Data­Driven Models for Linking Signaling Pathways to
Cellular Response
. BMC Systems Biology, 5:107. 2011.

I. N. Melas (equal contributor), A. Mitsos (equal contributor), J. Saez­Rodriguez, Thomas Weiss, Dimitris E. Messinis, and Leonidas G. Alexopoulos. Construction of Large Signaling
Pathways using an Adaptive Perturbation Approach with Phosphoproteomic Data
. Molecular BioSystems, 8(5):1571–1584. 2012.

A. Mitsos (equal contributor), I. N. Melas (equal contributor), M. K. Moris, J. Saez­Rodriguez, D. Lauffenburger, and L. G. Alexopoulos. Quantitative modeling of signal transduction pathways via a Non Linear Programming (NLP) formulation on phosphoproteomic data. PLOS One, 7. 11 2012.

I. N. Melas (equal contributor), A. D. Chairakaki (equal contributor), E. I. Chatzopoulou (equal contributor), D. E. Messinis, A. Mitsos, Z. Dailiana, P. Kolia, and L. G. Alexopoulos. Modeling signaling pathways in chondrocytes based on phosphoproteomic and cytokine release data. Osteoarthritis and Cartilage, 22(3):509–518. 2014.